Trước khi người châu Âu di cư đến Bắc Mỹ, Minnesota là nơi ở của người Dakota. Khi người châu Âu định cư ở phía bờ biển đông, phong trào tránh xa người da trắng làm nhiều người Da Đỏ như người Anishinaabe và các người Da Đỏ khác di cư đến vùng Minnesota. Những người châu Âu đầu tiên đến vùng này là các nhà lái buôn lông thú người Pháp đến vào thứ kỷ thứ 17. Vào cuối thế kỷ đó, người Anishinaabe, còn được biết tới là người Ojibwe đã di cư đến vùng phía tây của Minnesota tạo nên tranh chấp với người Dakota.[35] Các nhà thám hiểm như Daniel Greysolon, Sieur du Lhut, Father Louis Hennepin, Jonathan Carver, Henry Schoolcraft, và Joseph Nicollet, cùng các nhà thám hiểm khác đã vẽ ra bản đồ tiểu bang này.

Vào năm 1762, khu vực này trở thành một phần của Louisiana Tây Ban Nha cho tới năm 1802.[36][37] Một phần của tiểu bang ở phía đông sông Mississippi đã trở thành một phần trong nước Hoa Kỳ khi Hiệp định Paris thứ hai được ký kết vào lúc cách mạng Mỹ kết thúc. Phần đất phía tây của sông Mississippi được mua về qua vụ vùng đất mua Louisiana, tuy nhiên phần Thung Lũ Sông Đỏ bị tranh chấp cho tới khi hiệp ước 1818 được ký.[38] Vào năm 1805, Zebulon Pike thương lượng với người Da Đỏ để lấy đất ở vùng hợp lưu giữa Minnesota và sông Mississippi. Trong khoảng năm từ 1819 tới 1825, Pháo đài Snelling được xây dựng.[39] Lính ở pháo đài đó đã xây cối xay lúa và nhà máy cưa tại Thác Saint Anthony, là công nghiệp lấy nương lượng từ nước đầu tiên và sau này Minneapolis được lập nên ở đây. Trong khi đó những người lập nghiệp ở đất công, các viên chức và các nhà du lịch đã định cư gần pháo đài đó. Vào năm 1839, quân đội Hoa Kỳ bắt họ dời suốt cuối sông và họ đã định cư vùng mà ngày nay trở thành thành phố St. Paul.[40] Lãnh thổ Minnesota được hình thành vào ngày 3 tháng 3 năm 1849. Quốc hội đầu tiên của lãnh thổ này (xảy ra vào ngày 2 tháng 9 năm 1849)[41] bị chi phối bởi những người đàn ông đến từ tiểu bang New England hoặc có gốc từ bang New England.[42] Hàng ngàn người đã đến đây để xây nông trại và đốn gỗ và Minnesota trở thành tiểu bang thứ 32 của Hoa Kỳ vào ngày 11 tháng 5 năm 1858. Những người sáng lập ra tiểu bang này đa số đến từ New England do đó nó có biệt danh là "New England của phía Tây".[43][44][45][46]

Hiệp ước giữa những người định cư gốc châu Âu và người Dakota và Ojibwe đã dần dần ép người bản địa ở đây ra đi đến những khu dành riêng cho người bản địa Mỹ nhỏ hơn. Năm 1861, người ở Mankato lập ra nhóm tên Knights of the Forest, với mục đích loại bỏ hết tất cả người Da Đỏ ở Minnesota. Khi hoàn cảnh trở nên tồi tệ hơn cho người Dakota, xung đột xảy ra và dẫn tới Chiến tranh Dakota 1862.[47] Kết quả của sáu tuần chiến tranh là cuộc hành hình của 38 người Dakota — cuộc hành hình lớn nhất trong lịch sự Hoa Kỳ — và trục xuất gần hết những người Dakota còn lại đến Khu biệt lập Crow Creek tại Lãnh địa Dakota.[38] Có tới 800 người định cư da trắng đã chết trong trận chiến này.[48]

Trồng trọt và đốn củi là nghề chính của nền kinh tế Minnesota. Nhà máy cưa tại Saint Anthony Falls và trung tâm đốn củi như Marine tại St. Croix, Stillwater, và Winona chế biến gỗ với số lượng lớn. Những thành phố này có nhiều sông để tiện cho việc di chuyển.[38] Sau này, Thác nước Saint Anthony Falls được dùng tới để nạp năng lượng cho cối xay bột. Những phát minh mới của thợ cối Minneapolis đã dẫn tới bằng sở hữu bột, bán giá cao gấp đôi so với bánh mì và tinh bột.[49] Tới năm 1900, các cối xay ở Minnesota, của Pillsbury, Northwestern và Công ty Washburn-Crosby (chỉ sau General Mills), thời đó sản xuất 14,1 phần trăm của toàn nước.[50]

Nền công nghiệp đào mỏ sắt được thiết lập khi quặng sắt ở Dãy núi Vermilion và Dãy núi Mesabi vào thập niên 1880s và Dãy núi Cuyuna vào đầu thế kỷ 20. Những quặng đào được vận chuyển bằng được sắt tới Duluth và Two Harbors, rồi sau đó đi theo đường biển để chuyển qua phía đông tới Ngũ Đại Hồ.[38]

Sự phát triển công nghiệp và tăng trưởng sản xuất đã khiến cho dân số tường tường di dân vô thành thị từ nông thôn vào đầu thế kỷ 20. Tuy nhiên, việc trồng trọt vẫn còn rất thịnh hành. Nền kinh tế Minnesota đã bị ảnh hưởng rất lớn từ đợt Đại khủng hoảng, dẫn tới việc hạ giá cho nông dân, công nhân mỏ bị mất việc và tranh chấp lao động. Trong khi đó miền tây Minnesota và người Dakota còn bị hạn hán làm sự việc trầm trọng hơn. Chính sách kinh tế mớil đã giúp nền kinh tế Hoa Kỳ hồi phục nhanh chóng. Nhóm Civilian Conservation Corps và các chương trình khác đã lập nên một số công ăn việc làm cho các bộ tộc Da Đỏ sống ở khu dành riêng và Luật cải tổ người Da Đỏ của năm 1934 đã mang tới cho những bộ tộc Da Đỏ quyền tự trị. Điều này đã giúp cho người Da Đỏ có tiếng nói trong Hoa Kỳ và đồng thời xúc tiến sự tôn trọng phong tục của người Da Đỏ khi các nghi lễ tôn giáo và ngôn ngữ của họ không còn bị đàn áp.[39]

Sau chiến tranh thế giới II, sự phát triển công nghiệp đã có bước đột phát. Công nghiệp mới đã giúp tăng năng suất nông nghiệp quá các kỹ thuật tự động trang nuôi của heo và gia súc, máy vặn sữa bò và chăn gà số lượng lớn. Trồng trọt trở thành môn chuyên môn với công nghệ lai của bắp và lúa mì và các máy nông nghiệp như máy kéo và máy gặt đập liên hợp được sử dụng rộng rãi. Giáo sư Trường đại học của Minnesota Norman Borlaug đã cống hiến cho những phát triển này qua cuộc cách mạng xanh.[39] Sự phát triển những khu ngoại ô đã tăng trưởng mạnh thông qua sự tăng nhu cầu nhà ở và tiện nghi vận chuyển. Tăng trưởng khả năng vận chuyển đã giúp tạo nên nhiều việc làm chuyên môn.[39]

Minnesota trở thành trung tâm của công nghệ kỹ thuật sau thế chiến II. Hãng Engineering Research Associates được lập ra vào năm 1946 để phát triển máy tính cho Hải quân Hoa Kỳ. Sau đó hãng đó đã hợp nhất với Remington Rand và trở thành Sperry Rand. William Norris rời bỏ Sperry vào năm 1957 để lập nên Control Data Corporation (CDC).[51] Hãng nghiên cứu Cray được thành lập khi Seymour Cray rời khỏi để lập ra công ty riêng. Công ty dụng cụ y tế Medtronic cũng được thành lập ở Thành phố đôi (Minneapolis-Saint Paul) vào năm 1949.